صندوق نوآوری و شکوفایی ریاست جمهوری، در راستای مأموریت خود مبنی بر تأمین مالی طرح‌های نوآورانه و نیز سرمایه‌گذاری جسورانه در استارت‌آپ‌ها و طرح‌های سرمایه‌پذیر، همکاری خود را در قالب «هم‌سرمایه‌گذاری» با عاملین سرمایه گذاری و همچنین شتاب‏دهنده‌های دانش ‏بنیان آغاز کرده است.